李云崖劝说朱由检把西苑贡献出来，好做内阁的总部：“你把这花园子拿出来，贡献给国家,将来我带你去看星辰大海！”
朱由检现在只能跟李云崖一条道走到黑，连权利都肯下放,园子自然也没什么可吝啬的,况且他自从登基以来就为国事操心劳神，根本没有机会,也没有心情去园子里游玩。
李云崖得到他的首肯，立即请来最好的园林大师，设计出一张图纸,然后建筑工人迅速进驻,将太液池在原有的基础上进行改建,所谓太液池，是从金代定都北京时侯就有的，后来历经元代、明代,开挖出了三个大湖,即为后世中所熟知的北海、中海、南海，当年明成祖朱棣开挖南海,将挖出来的土方堆积在紫禁城北,形成万岁山，历史上的崇祯皇帝就在这上面吊死。
李云崖改建太液池，先修围墙，将它彻底跟旁边的紫禁城隔开，自称一个空间，对岸边的建筑进行重建，将原来的西直房、尚宝监、御用监等全部搬离，新建各部会的办公大楼。
其中监察部、外交部和国防部都在北海，以后皇帝在这里主持办公。其余部会在南海，由李云崖率领，在琼华岛办公。中海建立太和宫，每年年初、年终、年尾，皇帝和内阁总理带着所有部会首长在这里开朝会。紫禁城完全给朱由检作为自家的起居住所，不再具有政治功能。
虽然说两人分管一摊，但李云崖还是凡事都把朱由检带上一起参与，而朱由检那边的事务也都会找他，其实，朱由检对军事，对监察，对外交都没兴趣，他更喜欢内阁这边的民政，李云崖就在崇智殿内给他安排了房间，让他住在这里，各部会一切事物都送到这里，两人一起研究决定。
在崇智殿住着，同样不用太监宫女伺候，李云崖把他们都打发出去，另行设立办公厅，调了一些识字的青年进来当秘书，做记录奏折整理档案等事务。
李云崖画了一张包含星辰大海馅的大饼，朱由检被刺激得化身元气少年，每天早早起来跟随王征南练剑，然后和李云崖一起吃过早餐之后，就开始办公，先把秘书们分门别类送来的奏折看上一遍，然后抱着来找李云崖。
“洪承畴递上来的折子，说是江南那边许多士子集体到南京哭皇陵，哭孔庙，煽动百姓造反，还集体抗税，已经造成了好几次冲突。”朱由检把奏折甩在桌子上，“就跟前几天国子监学子闹事一样！不好好读书为国出力，就会搞这些！”
李云崖把折子拿过来，用红笔在下面批示：“乱世须用重法，一切依法办理。”
看到李云崖只写了十二个字就合上奏折，朱由检担心：“你这么写，能行吗？”
李云崖笑道：“写这十二个字已经很不错了，本来连这十二个字都不必写，如果事事都要我来做决定，我要他一个公安部长是做什么的？一年那么高的俸禄难道白给他？只不过因为百事粗创，又兹事体大，我才回的，洪承畴是个聪明人，他知道该怎么做的。”
洪承畴不仅是个聪明人，还是个狠心人，最是心狠手辣，他在西北平叛的时候，经常把已经投降的农民军头领叫过来请吃饭，不等就被端起饭碗就叫手下进来全部给宰了，临了连顿饱饭都不给人吃，就是馋人家一下，李云崖让他接替孙传庭当公安部长也是看中了他这一点。
随着崇祯四年温体仁的政变失败，几乎整个士大夫阶层都对朱由检彻底失望了，从跟李云崖对上以来，他们集体辞官、扶植流寇、逼宫政变这些手段全用上了，都被李云崖一一粉碎，以他们的失败而告终！
如今李云崖改革流传了两千多年的国家体制，越发触动了他们最后的底线，他们没有勇气直接造反，只能鼓动协助其它势力造反，大乾国的诞生就是如此，结果五六十万军队被李云崖万人给打了个灰飞烟灭，这个结果更让他们心惊胆寒，武斗行不通，又开始文斗，江南地区开始大面积的抗税逃税。
李云崖废除六部之后，农税也由公安部代收，最后统一归财政部调配，地主官绅们为了逃税，手段无所不用其极，经常一个举人，带上自己的亲朋好友，三亲六故，名下财产过百万亩，却不用纳一厘米，交一个铜板。
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