到康熙十七年（1678年）八月，衡州酷热，吴三桂加之心情不舒，焦虑过重，肝火过盛，便突然得了“中风噎嗝”的病症，随后又添了“下痢”病症，太医百般调治，终不见效。吴三桂便授意心腹大臣，迎接皇孙吴世璠来衡州继位，托付后事。八月十八日深夜，吴三桂在都城衡州（今衡阳）皇宫驾崩，时年六十七岁，只做了五个多月的皇帝。
吴应熊知道，历史上，吴三桂实际上是有机会推翻满清的。在大好形势下，吴三桂却犯了战略性的错误，他饮马长江，本当痛饮黄龙，直捣京师，吴三桂却不过长江，在松滋一停就是三个多月，白白失去了大好时机。吴三桂的谋士刘玄初在重要时候写了封信，劝其渡江北上，他却无动于衷，逗留观望，企图与清廷分长江而治。万一这时他挥军北上，清朝的江山就可能变色，而他却顿足不前。缺少进取精神，是吴三桂最后失败的重要原因，历史就是如此毫不留情。
因为吴三桂的犹豫而未能把握住这次机会，但是康熙皇帝却恰恰相反，调动全国的军事力量，向吴三桂扑来。康熙首先削去吴三桂的亲王爵，然后处死了吴三桂留在北京的儿子吴应熊父子。到康熙十四年 ( 1675 ) 四月，康熙帝已组织了十路大军进剿吴三桂军，甚至将蒙古兵也征调到前线，总兵力在二十万以上。双方的主力都摆在湖南，吴军在岳州，清军大本营在隔岸的荆州，一直对峙着。
康熙帝采取各个击破的方针，西北的首先被击败。清军首先攻下秦州，总兵陈万策投降。接着便包围了兰州、巩昌。兰州、巩昌相继攻破，清军便围住的根据地平凉。康熙特派大学士图海为抚远大将军，亲临平凉，指挥战斗。清军以巨大代价夺取了城外的制高点 -- 虎山墩，平凉城失去了屏障，于康熙十五年 ( 1676 ) 六月归降，西北平定。西北战场的胜利使康熙消除了肘腋之患，并最终可以抽调西北劲旅对付吴三桂，吴三桂的失败便注定了。
吴应熊研究过这段历史，吴三桂初期还是很厉害的，兵力强盛，但在其起兵之后，既没有“疾行渡江，全师北向”，设法以军事上的胜利去推动政治上的成功；也没有“下金陵，扼长江，绝南北通道”或“出巴蜀，据汉中，塞崤函自固”，以建立巩固的后方，而是分兵湖南、江西、湖北，逐地争夺一些战略价值不高的城镇。贻误了战机，给了康熙以从容布置反击的时间。
而且，吴三桂起兵太晚了，在最尖锐、民族斗争最激烈的时刻，吴三桂信誓旦旦地表示要“矢忠新朝”，对各地抗清义军极尽镇压之能事，最后他却又要“共举大明之文物”了。
吴应熊总结吴三桂败因，一在其战略严重失误，二在无得力继承人，三在台湾郑家和耿尚两藩全在互坑队友；而绝非满清如何强大不可战胜，清康熙帝玄烨又如何英明神武。当时除吴三桂外，另一个本可给满清以致命一击的势力，便是台湾的郑经。在吴三桂攻入陕西，耿精忠同样攻取江西浙江大片土地，逼近江南时；郑经击杀漳州黄芳度，逼和尚之信，拿下了福建的漳州、泉州，广东的潮州、惠州四府，肃清周围清军势力，从继位时兵不满万的窘境，到扩军至近四万人。就在此时，林丹汗之孙察哈尔布尔尼率数千人起兵反清，察哈尔左翼四旗同样哗变，距离京畿只在咫尺。满清把最后守家底的战力连同八旗家奴壮丁合计数万人，都交由图海带领，先去镇压布尔尼了。
郑家作为当时掌握东亚制海权多年的海上霸主，如果挑拣上万精兵直接用来登陆天津卫，满清中枢就算不被直接斩首，也肯定要学二次鸦片战争一般狼狈鼠窜了。而放弃首都逃跑，就意味着满清当时本就不多的威信荡然无存，对各地方汉人官员的约束力丧失，必然是兵败如山倒之势。
当时八旗进关后不到20年，拜天花和持续内斗所赐，其宗王名将死了个精光，连“大宋名将制造机”完颜宗弼这水准的将领都再找不出一个。其八旗精兵更从明末的“满万不可敌”、野战无敌手，腐朽到了人人畏战，只能跟在汉军绿营后面当督战队的地步。李定国的衡阳之战，郑成功的镇江之战和厦门之战，歼灭八旗数都在千人甚至数千，比之明末时砍几百个清军首级就是难得“大捷”，再不可同日而语。
吴三桂对满清“窃我先朝神器，变我中国冠裳”的声讨，和“共举大明之文物，悉还中夏之乾坤”、恢复汉人王朝统治的政治号召，是颇得相当一部分汉人精英之心的。对他们来说，比起满清屠戮汉人之仇，剃发易裳之恨，倒不如宁愿跟随一个汉人枭雄反清，哪怕他之前罪过甚大、人品堪忧。甚至满清方面同样如此认为，将三藩之乱视为一场满人和汉人的民族战争。
三藩声势最大时，一度据有云贵川陕甘湘桂赣闽浙十省土地。内蒙察哈尔汗、青海墨尔根台吉亦起兵响应反清，控制西藏的五世同样对吴三桂善意中立，屡次为其做“裂土罢兵”的调停。
论战术指挥，年老成精的吴三桂堪为当时一流军事统帅，十万人次的大会战，也是胜多负少。其反清成果，甚至远大于南明各朝历次反攻，号称“斩清兵将900余员”。可惜如此大好形势，却败于吴三桂自己的严重战略失误。吴三桂年老，一心想在云南裂土为王，将藩地传及子孙，实系被玄烨逼迫而反。因此当占据半壁江山后，他没有如朱棣那般孤注一掷、够狠敢搏的决然，而是只想和满清划江而治。若其直取荆州襄阳，然后顺江而下阻断漕运，抄略江南财赋重地，则满清统治崩溃便成定局。
吴应熊知道，当时那些汉军汉将，真知道骑在他们头上的只是一帮虚张声势的黔中之驴，怕是赵良栋张勇施琅们的心思也早动摇了。是以吴军气势越胜，人心就越不利满清。当把八旗兵人数消耗到一定临界点，作为清军主力的汉将就必然要重新考虑立场。毕竟汉奸们的节操从来就是说说而已，不忠于大明不忠于华夏的老丘八，又怎么可能当真如他们自称的那样忠于异族王朝？
与此相反，现实历史中，吴三桂据江不上，只想南北分治，耽误灭清的大好时机，而他年纪太老，继承人是稚子才失败了，此时，他吴应熊回来了，历史又将重新改写！
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