控制广州府后，张鹏飞一面巩固防御，一面开始治理地方。
政治上张鹏飞清除了忠于明廷的官员换上自己的亲信，并澄清官吏严惩贪污，恢复农业发展工商，巩固了在广州府的统治。
军事上他扩大军队，建立起十万海陆军，并整合广州府沿海的船坞，组织工匠雇佣葡人技师打造战舰。
在发展过程中，张鹏飞感觉西式人才的缺乏，便将主意打到澳门头上了，西元1643年七月，张鹏飞派出一万大军从水陆两路包围了澳门，并给葡澳当局下了最后通牒，命其三天之内投降，普澳当局在权衡了双方的实力以后，明智的挂起了白旗。张鹏飞便下令将澳门境内的葡人华人中有才能者全部量才录用。
张鹏飞又派兵占领琼州府，并招募苦力开挖石碌铁矿，他利用广州佛山的炼铁工匠和葡人的一些炼铁技术在石碌建立了新的钢铁基地，又将澳门卜加劳炮厂和万山炮厂合并，建立了规模和技术在全世界也数得上号的佛山炮厂。
正当张鹏飞全力经营，使广州府一切欣欣向荣的时候，西元1644年4月25日，也就是明崇祯十七年三月，崇祯帝于煤山自缢殉国，李自成进入北京。
李自成在进入北京后，因为追赃助饷和招安吴三桂等问题上出现一系列错误，导致吴三桂引清兵入关，在清军和吴军的联合进攻下农民军于一片石战败，李自成于退出北京，第二天，多尔衮进入并定都北京。此时福王朱由崧在南京即位是为弘光帝。
张鹏飞趁机向南京明廷上表请降，南京方面正要巩固统治，便答应招安，任命张鹏飞为广州总兵，实际控制广州府。
又过一年，清兵南下，弘光帝被吓破胆，下诏天下勤王。张鹏飞义无反顾的带领百艘战舰和一万水军于万山岛誓师，北上勤王。
弘光朝的兵部尚书史可法在扬州抵抗，城破，清军在扬州屠城十日，史称“扬州十日”，扬州百姓死难八十余万，是后世日军南京大屠杀的三倍！
张鹏飞率军抵达南京江面时，已是四月中旬，他对扬州发生的事无能为力。入城朝见弘光帝，张鹏飞发现这朱由崧胆子小了些，但也没有历史上说的那么不堪。从皇宫出来，张鹏飞便去前往秦淮河见识一番，结识了在此议论国事的复社众才子和国子监监生郑森，也就是后来的郑成功。
当时郑芝龙之地郑彩也率郑氏舰队两万余人布防于南京江面，但郑彩见江北明军迅速溃败，便欲率军东逃入海。
张鹏飞得到消息，紧急约见郑森，郑森得知郑彩想临阵脱逃也十分气氛，于是张鹏飞派海豹队和郑森一起前往郑氏舰队，突袭并抓住郑彩，助郑森夺取郑氏舰队的领导权。
此时多铎率大军已经抵达江北，张鹏飞和郑森联合防御江面，双方大战一月有余，清军不但无法渡江，反而损失惨重。
此时在长江中游的阿济格听说多铎受阻，便派三千精骑从长江南岸昼夜兼程突袭南京，沿途明军望风而降，清军于六月抵达南京城下。
弘光君臣见到清军，还以为长江防线崩溃，举朝大惊，弘光帝弃城而逃，大臣开城投降，南京失陷，正在江上与清军对峙的张鹏飞和郑森见无力回天也只得顺江而下逃入海中。
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